Macのセットアップ（OS X 10.11 El Capitan）
Mac OS X 10.11（El Capitan）をクリーン・インストールしてから最初に行った設定など。
システム環境設定...（System Preferences...）
Spotlight
キーボード（Keyboard）
- 「キーボード（Keyboard）」→「キーボード（Keyboard）」タブ→「キーのリピート（Key Repeat）」スライドと「リピート入力認識までの時間（Delay Until Repeat）」スライドを１番右に合わせる。
- 「キーボード（Keyboard）」→「キーボード（Keyboard）」タブ→「F1、F2などのすべてのキーを標準のファンクションキーとして使用（Use all F1, F2, etc. keys as standard function keys）」にチェックを入れる（Fnを押さないときのF1-F12の操作と押したときの操作が逆になる）。
- 「キーボード（Keyboard）」→「キーボード（Keyboard）」タブ→「メニューバーにキーボードビューア、絵文字と記号ビューアを表示（Show Keyboard, Emoji, & Symbol Viewers in menu bar）」にチェックを入れる。
- 「キーボード（Keyboard）」→「ショートカット（Shortcuts）」タブ→「キーボード（Keyboard）」→「次のウィンドウを操作対象にする（Move focus to next window）」のキーボードショートカットを「command + \」へ変更。
- 「キーボード（Keyboard）」→「ショートカット（Shortcuts）」タブ→「アプリケーション（App Shortcuts）」→「＋」ボタンをクリックして新規のショートカットを追加：「アプリケーション：（Application:）」には「Finder.app」，「メニュータイトル：（Menu Title:）」に「Print」とし，「キーボードショートカット：（Keyboard Shortcut:）」に 「control + shift + option + command + P」を割り当てる（うっかり押せなくて他と衝突していなければ何でも良い；デフォルトは「command + P」で，「command + O」のつもりでプリントをしてしまうことが多く，それを回避するため）。
- 「キーボード（Keyboard）」→「入力ソース（Input Sources）」タブ→「句読点の種類：（Punctuation:）」を「。と，」に変更。
デスクトップとスクリーンセーバ（Desktop & Screen Saver）
- 「デスクトップとスクリーンセーバ（Desktop & Screen Saver）」→「スクリーンセーバ（Screen Saver）」タブ→「ホットコーナー...（Hot Corners...）」→右上のコーナーへ「スクリーンセーバを開始する（Start Screen Saver）」を割り当てる。
言語と地域（Language & Region）
- 「言語と地域（Language & Region）」→「優先する言語：（Preferred languages:）」欄→「English」を一番上に移動する（Finderの操作をキーボードでやりやすくするため）。
- 「言語と地域（Language & Region）」→「週の始まりの曜日：（First day of week:）」を「月曜日（Monday）」に変更。
- 「言語と地域（Language & Region）」→「時刻の書式：（Time format:）」の「24時間表示」にチェックを入れる。
一般（General）
- 「一般（General）」→「スクロールバーの表示：（Show scroll bars:）」で「常に表示（Always）」を選択。
セキュリティとプライバシー（Security & Privacy）
- 「セキュリティとプライバシー（Security & Privacy）」→「一般（General）」タブ→「ダウンロードしたアプリケーションの実行許可：（Allow apps downloaded from:）」にて「Mac App Storeと確認済みの開発元からのアプリケーションを許可（Mac App Store and identified developers）」を選択（デフォルト設定）。
Mission Control
- 「Mission Control」→「最新の使用状況に基づいて操作スペースを自動的に並べ替える（Automatically rearrange Spaces based on most recent use）」のチェックを外す。
- 「Mission Control」→「アプリケーションの切り替えで、アプリケーションのウインドウが開いている操作スペースに移動（When switching to an application, switch to a Space with open windows for the application）」のチェックを外す。
- Mission Controlを開いて（トラックパッドで3本指で上にスワイプ，もしくはcontrol + ↑），デスクトップを2つ追加し，2つ目と3つ目のデスクトップに移動してそれぞれ壁紙を変更する。
Finder
- 「Finder」メニュー→「環境設定...（Preferences...）」→「詳細（Advanced）」タブ→「すべてのファイル名拡張子を表示（Show all filename extensions）」にチェックを入れる。
- デスクトップをアクティブにした状態で「表示（View）」メニュー→「表示オプションを表示（Show View Options）」→「項目の情報を表示（Show item info）」にチェックを入れる。
ターミナル（Terminal）
- 「ターミナル（Terminal）」メニュー→「環境設定...（Preferences...）」→「プロファイル（Profiles）」タブ→「キーボード（Keyboard）」タブ→「メタキーとしてOptionキーを使用（Use option as Meta key）」にチェックを入れる。
Safari
Extensions
- ClickToPlugin <http://hoyois.github.io/safariextensions/clicktoplugin/>
Microsoft Word
- 「ツール」→「ショートカット キーのユーザー設定…」
- CharLeft: control + B
- CharRight: control + F
- LineDown: control + N
- LineUp: control + P
- StartOfLine: control + A
- EndOfLine: control + E
- EditClear: control + D
- GoToNextPage: control + V
- InsertPageBreak: command + Return
Installed Softwares (Freeware/Shareware)
GraphicConverter 6.7
LogoVista辞典ブラウザ
MenuCalendarClock
PlainCalc
医療情報学会の投稿ツールをターミナルから起動（Mac OS 10.9）
第34回医療情報学連合大会（JCMI34）に詳細抄録を投稿しようとしているのだが，Mac OS 10.9で「その他OS用（Mac OS X 10.7以降を含む）」の投稿ツールが起動しない。すなわち，私は詳細抄録が投稿できない。
問い合わせたところ，次のコマンドで起動できるとのこと（JAMIC.jarのあるディレクトリに移動して実行）。
java -Duser.language=ja -Duser.country=jp -jar JAMIC.jar
起動できたー！
Macのセットアップ（OS 10.9 Mavericks）
Mac OS 10.9（Mavericks）をクリーン・インストールしてから最初に行った設定など。
システム環境設定（System Preferences...）
Spotlight
キーボード（Keyboard）
- 「キーボード（Keyboard）」→「キーボード（Keyboard）」タブ→「F1、F2などのすべてのキーを標準のファンクションキーとして使用（Use all F1, F2, etc. keys as standard function keys）」にチェックを入れる（Fnを押さないときのF1-F12の操作と押したときの操作が逆になる）。
- 「キーボード（Keyboard）」→「キーボード（Keyboard）」タブ→「メニューバーにキーボードビューアと文字ビューアを表示（Show Keyboard & Character Viewers in menu bar）」にチェックを入れる。
- 「キーボード（Keyboard）」→「ショートカット（Shortcuts）」タブ→「キーボード（Keyboard）」→「次のウィンドウを操作対象にする（Move focus to next window）」のキーボードショートカットを「command + \」へ変更。
- 「キーボード（Keyboard）」→「ショートカット（Shortcuts）」タブ→「アプリケーション（App Shortcuts）」→「＋」ボタンをクリックして新規のショートカットを追加：「アプリケーション：（Application:）」には「ファインダー（Finder.app）」，「メニュータイトル：（Menu Title:）」に「Print」とし，「キーボードショートカット：（Keyboard Shortcut:）」に 「control + shift + option + command + P」を割り当てる（うっかり押せなくて他と衝突していなければ何でも良い；デフォルトは「command + P」で，「command + O」のつもりでプリントをしてしまうことが多く，それを回避するため）。
デスクトップとスクリーンセーバ（Desktop & Screen Saver）
- 「デスクトップとスクリーンセーバ（Desktop & Screen Saver）」→「スクリーンセーバ（Screen Saver）」タブ→「ホットコーナー...（Hot Corners...）」→右上のコーナーへ「スクリーンセーバを開始する（Start Screen Saver）」を割り当てる。
言語と地域（Language & Region）
- 「言語と地域（Language & Region）」→「優先する言語：（Preferred languages:）」欄→「English」を一番上に移動する（Finderの操作をキーボードでやりやすくするため）。
- 「言語と地域（Language & Region）」→「週の始まりの曜日：（First day of week:）」欄→「月曜日（Monday）」にする。
一般（General）
- 「一般（General）」→「スクロールバーの表示：（Show scroll bars:）」で「常に表示（Always）」を選択。
セキュリティとプライバシー（Security & Privacy）
- 「セキュリティとプライバシー（Security & Privacy）」→「一般（General）」タブ→「（Allow apps downloaded from:）」にて「すべてのアプリケーションを許可（Anywhere）」を選択。
Mission Control
- 「Dashboardを操作スペースとして表示（Show Dashboard as a Space）」→「最新の使用状況に基づいて操作スペースを自動的に並べ替える（Automatically rearrange Spaces based on most recent use）」，「アプリケーションの切り替えで、アプリケーションのウィンドウが開いている操作スペースに移動（When switching to an application, with to a Space with open windows for the application）」，「ウィンドウをアプリケーションごとにグループ化（Group windows by application）」のチェックを外す。
Finder
- 「Finder」メニュー→「環境設定...（Preferences...）」→「詳細（Advanced）」タブ→「すべてのファイル名拡張子を表示（Show all filename extensions）」にチェックを入れる。
- 「表示（View）」メニュー→「表示オプションを表示（Show View Options）」→「項目の情報を表示（Show item info）」にチェックを入れる。
ターミナル（Terminal）
- 「ターミナル（Terminal）」メニュー→「環境設定...（Preferences...）」→「設定（Settings）」タブ→「キーボード（Keyboard）」タブ→「メタキーとしてoptionキーを使用（Use option as meta key）」にチェックを入れる。
Safari
Extensions
- ClickToPlugin 2.9.8 http://hoyois.github.io/safariextensions/clicktoplugin/
Notes
- Notesのデフォルト・フォント（フォントの種類とサイズ）を変更する（13→11ポイント）
# 言語を日本語に設定している場合（ja.lproj） $ cd /Applications/Notes.app/Contents/Resources/ja.lproj/ $ sudo cp DefaultFonts.plist DefaultFonts.plist.org $ sudo emacs DefaultFonts.plist # 言語を英語に設定している場合（en.lproj） $ cd /Applications/Notes.app/Contents/Resources/en.lproj/ $ sudo cp DefaultFonts.plist DefaultFonts.plist.org $ sudo emacs DefaultFonts.plist
Microsoft Word
- 「ツール」→「ショートカット キーのユーザー設定…」
- CharLeft: control + B
- CharRight: control + F
- LineDown: control + N
- LineUp: control + P
- StartOfLine: control + A
- EndOfLine: control + E
- EditClear: control + D
- GoToNextPage: control + V
- InsertPageBreak: command + Return
Installed Softwares (AppStore)
Janetter
MailTab Pro for Gmail
MenuTab Pro for Facebook
The Unarchiver
WinArchiver Lite
Timey
Installed Softwares (Freeware/Shareware)
CotEditor
GraphicConverter 6.7
LogoVista辞典ブラウザ
MenuCalendarClock
PlainCalc
日本のバイオバンクWebサイト一覧
※ バンクの名称や運営組織はWebサイトの情報を元に書いており，それぞれの運営組織へ確認を取っているわけではありません。そのため，下記の内容には誤りが含まれていると思われます。ご注意ください。
※ 間違いを見つけられた方や，抜けているものをご存じの方がいらっしゃいましたら，コメント欄に書き込んでいただけますと幸いです。
（最終更新日：2015-08-27）
HTMLファイルからmicrodataを抽出してJSON形式で出力
Webページにメタデータを埋め込むための規格はいくつかあります（microformats，RDFa，microdata，…）。このエントリーでは，Web上もしくはローカルにあるHTMLファイルからmicrodataを抽出してJSON形式で出力する，ということをローカルマシンでJavaScriptによって行う方法を書きます（なお，ちょっとの改変でTurtle形式での出力も可能になります）。
HTMLソースからmicrodataを抽出するのにjQueryプラグインであるMicrodataJSを使います。そしてローカルでJavaScriptを動かすために，Rhinoとenv.jsを使います。
Rhinoとenv.jsのインストール
はじめにRhinoとenv.jsをインストールします。env.jsのWebページから最新版（1.2）をダウンロードします。env.jsをダウンロードするともれなくRhinoが付いてきます。
無事にダウンロードし，解凍してディレクトリ名をenv-js/に変更したものとします。続いてインストールします。
$ cd env-js $ ant
MicrodataJSのインストール
続いて，MicrodataJSをインストールします。Webページから適当なBranch（ここではv0.1.0とします）をダウンロードします。無事にダウンロードし，解凍してディレクトリ名をmicrodatajs/に変更したものとして次に進みます。なお，jQueryはMicrodataJSのディレクトリに入っているものを使います。
Rhino+env.jsの対話型シェルでJavaScriptを実行
まずは，Rhiono+env.jsの対話型シェルで試してみましょう。とりあえず起動します。
$ ls env-js/ microdatajs/ $ java -jar ./env-js/rhino/js.jar Rhino 1.7 release 2 2009 03 22
はじめに，ライブラリーをロードします。
js> load('env-js/dist/env.rhino.js');
js> load('microdatajs/lib/jquery-1.4.1.min.js');
js> load('microdatajs/lib/json2.js');
js> load('microdatajs/jquery.microdata.js');
js> load('microdatajs/jquery.microdata.json.js');続いて，適当なHTMLファイルをロードします。とりあえず「はてな開発ブログ」で試しましょう（もちろんローカルのHTMLファイルでもOKです）。
js> window.location = 'http://staff.hatenablog.com/'; http://staff.hatenablog.com/ js> jQuery.ready();
さあ，いよいよmicrodataを取得してJSONに変換しましょう（ここを書き換えればTurtleでも出力できます）。
js> var jsonText = $.microdata.json();
js> console.log(jsonText);
{
"items": [
{
"type": "http://schema.org/Blog",
"properties": {
"name": [
"はてなブログ開発ブログ"
],
"image": [
"http://hatenablog.com/images/top/service-top-logo.png"
]
}
}
]
}
簡単でしたね！（ちょっと遅いけどね！） 以上の内容をファイルに書いて，次のようにコマンドから実行することもできます。
$ java -jar env-js/rhino/js.jar -opt -1 INFILE_JS > OUTFILE_JSON
さいごに
なんでわざわざJavaScript？ってことなのですが，自分が試した次の2つはきちんとメタデータを取得できないことがあってあきらめ，HTMLの解析はjQueryがベストなんじゃないか，ということでここに落ち着きました。今のところうまくいってます。
また，MicrodataJSはLive MicrodataというWebページの裏で使われているので，ここと環境が合わせられる，というメリットもあります。
VirtuosoにRDFデータをロード，SPARQLで検索
Virtuosoのインストール，RDFデータの準備ができたので，VirtuosoのGUI（Conductor）を利用したRDFデータのロード，SPARQLによる検索をしてみます。
VirtuosoにRDFデータをロードする
まずはConductor（http://localhost:8890/conductor/）にアクセスします。
[
,w480]
データをロードするためにはログインする必要がありますが，デフォルトで「dba」というアカウントが用意されているので，とりあえずこれを使います（パスもこれです）*1。
画面上のメニューバーから「RDF」（右端から２番目）をクリックし，続いてその下に現れるメニューバーの「RDF Store Upload」（右端）をクリックします。
[
,w480]
ファイルやURLを指定して「Upload」をクリックすればデータがロードされます*2。データの収納先を分けたい場合には「Named Graph IRI」で適当なURIを指定しましょう。たとえば「http://localhost:8890/DAV/test」とか。
どんなRDFフォーマットをサポートしているか把握していないのですが，自分はとりあえずTurtle（.ttl）形式のファイルは無事にアップロードできました。たぶんRDF/XMLやN3くらいはいけると思います。
SPARQLで検索
RDFのデータはSPARQL（SPARQL Protocol and RDF Query Language）と呼ばれるクエリ言語で検索します。詳細は（知らないので）書きませんが，気になる人はオライリーから『Learning SPARQL』という本が出ているので，これを読んでください。
Virtuoso ConductorでSPARQLを使うには，画面上のメニューバー「RDF」>「SPARQL」（左端）をクリックします。
[
,w480]
ここでは簡単な例として，アップロードしたRDFをすべて見てみましょう。「Query」に次のように記入して「Execute」をクリックします。
SELECT * WHERE { ?s ?p ?o }
ちなみに，データ数だけ知りたいときは次のようにします。
SELECT COUNT(*) WHERE { ?s ?p ?o }
なお，データをロードする際に指定した「Named Graph IRI」を「Default Graph IRI」に記入すれば，検索対象をそのデータに絞ることが出来ます。また，http://localhost:8890/sparqlからもSPARQLは実行できます。外にSPARQLエンドポイントを公開する際にはこちらを使うことになります。
さいごに
ロードしたRDFデータの確認は上に書いたようにSPARQLを使ってできます。が，「RDF」>「RDF View」というメニューがあるので，ここで確認できると期待したのですが，使い方がわかりません。わかる方がいたらご指南お願いします！
関連エントリー
- VirtuosoをMac OS Xにインストール
- Google RefineによるRDFデータへの変換
- VirtuosoにRDFデータをロード，SPARQLで検索 ←いまここ
- Virtuosoをスクリプトから使う（乞うご期待）
*1:このアカウントについては，Documentation > Quick Starts & Tours > 3.1. Where to Startに書いてあります
*2:なお，このやり方はDocumentation > 16. RDF Data Access and Data Management > 16.8. RDF Insert Methods in Virtuoso > 16.8.7. Using WebDAVの「Example 2: Using Conductor UI」という項目に書いてあります。これ以外のやり方についてもその周辺に書いてあるので，必要な人は読むとよいのではないでしょうか。
データは主役ではなく，主役は解釈なのだ
ある本を読んでいて，次の一節でふと，考えさせられた。
生物学がらみの知性とは，難解な生物学データを解説できる能力をさす，という誤解が広まってしまった。ジェイムスの読者の多くは，データが主役ではないことをわかっていなかった。主役は解釈なのだ。地球上の出来事をほんの少しでも把握可能にするような解釈。なのに，肝心な点がいつのまにか見失われてしまった。《もしかするとわれわれは，大量の数字に麻痺してしまい，そこから得られるかすかな真実を吸収できなくなっているのかもしれない》
実際には，その本では「生物学」ではなく「野球」と書かれていて，この本は『マネー・ボール』（マイケル・ルイス）という野球の本です。しかし，膨大なデータに浮き足立っているいま，この一節は考えさせられるものがありました。
しかし実際には，いまに限らず，昔から科学が対峙してきたのはこうした問題です。メンデル，ケプラー，ダーウィン，など。とは言え，これを自分の置かれた環境で解釈して，そして活路を見出すにはまだ時間がかかりそうです。
ちなみに，この本はすごく面白いっ！ 特に研究者はこういう話は好きだと思います。本の中に出てきますが，野球データ分析のSTATS社を起業した人は，製薬会社スミスクライン＆フレンチラボラトリーズ（現グラクソ・スミスクライン）の研究者だったそうです。また，自費出版の野球データブック『野球抄録』を買っていた数少ない顧客の中には，大手企業の研究者，物理学・経済学・生命科学の教授，数学者などがいたそうです。ぜひあなたも！
