応用編の作成、再開しました
お久しぶりです。研究やら旅行やらで、牧場に来るのが3ヶ月ぶりになってしまいました…
8月は院試休みなので来られると思います。とりあえずJmol動画を早く往生させてやらないといけません。
一昨日と今日は、Jmolのコマンド集とRasMolの解説ページを参考にしながら、応用編の台本を作り終えました。
流れとしては、まず基本編からインターフェースが変わったことを断った上で、
表示モデルの変更→配色の変更→特定の原子の表示・非表示→切断面の表示
と一通り解説した後に、具体的な使い方の例として
正常型/鎌状赤血球変異型ヒトヘモグロビンの比較
を実演し、最後にコマンド集等のページを紹介して締める感じです。
この実演は旧作の動画からの引き継ぎです。
結構中身があるのですが、テンポよく解説して10分くらいに収まるようにしたいと思っています。
次回から、録画を始めます。
前半の反省と後半の準備
今日はとても暖かいです。春ですね。
タンパク質の構造ビューワー系の動画は他にもたくさんあるので、参考にしようと思って見ていると、前半の動画についてああすればよかった的なことがたくさん出てきます。例えばマウス操作のところは画面を止めずに、操作しながら解説するべきでした。そのためには文字をもう少し小さくして吹き出しも半透明にしたほうがよかったです。でもここで変えると後半との統一感がなくなっちゃいます。
と、ここで衝撃的な事実に直面しました。PDBがJmolじゃなくてJSmolになってる…しかもなんか見た目も変わってるし…これは撮り直しの予感…！orz
今日は後半のための準備をいろいろしてました。しばらく旅行に行くので次は４月かもしれないです。
後半のための調査
前半（基本編）はめでたくアップしました。でもYouTube版がなかなか再生できるようにならない。
後半（応用編）の情報収集。JmolのコマンドはRasMolのものとほぼ共通のようです。RasMolで調べたほうがいろいろ出てくる気がします。
参考
Jmol/JSmol interactive scripting documentation
http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs
コマンド入力によるRasMolの操作法
http://isw3.naist.jp/IS/Kawabata-lab/LECDOC_KINDAI/2010/exec_10May25/rasmol_man/rasmol_command.html
Rasmol コマンドレファレンス
http://popup8.tok2.com/home2/rafysta/lifstyle/rasmol.html
方針としては、まず前半でやったことはコマンドを使ってもできるよ、ということを示してから、コマンドでしかできないこと（残基番号や鎖を直接指定するなど）に発展して、最後に例として正常型と変異型の比較を出したいと思います。コマンドでの操作は「原子の選択→表示の指定」の流れが重要なので、それを意識して説明します。
前半完成
今日から録画・編集始めました。1本にまとめようとしたのですが途中で明らかに10分を超えそうになったので、マウス操作、Display Options、右クリックメニューの説明までを「基本編」としてまとめることにしました。これは今日で完成しました。ちなみに7分でした。
この後はスクリプトによる操作を「応用編」として作ろうと思いますが、用意していたネタではちょっと少ないのでもう少し練ってから2本目を作り始めようと思います。
参考
Jmolのコマンド
http://bi.livedocs.net/app/jmol.html
台本を考えてますが、コマンドを順番に説明していくだけになって、だったら一覧で見たほうが早いじゃないかという感じになります。うまく体系的に説明したいのですが、、なんだか泥沼化しそうで恐ろしいです。
内容について
また久しぶりな感じになってしまいました。今日からしばらくは通おうと思います。
前作
鎌状赤血球症を引き起こす変異ヒトヘモグロビンをJmolで確認する
http://togotv.dbcls.jp/movie/090721SNP2Protein_m.html
参考
RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる 2011
http://togotv.dbcls.jp/20110830.html#p01
Demonstration of Jmol Capabilities
http://jmol.sourceforge.net/demo/
Jmolwiki Mouse Manual/ja
http://wiki.jmol.org/index.php/Mouse_Manual/ja
下のような順番で説明していこうと思います。
・マウス操作の説明
・タンパク質全体の操作（Display Options）
・部位を指定しての操作（右クリックメニュー、スクリプト）
PDBを使ってタンパク質を検索する方法については他の動画があるので、サラッと説明する程度にします。また、前作は正常型と変異型のヘモグロビンを比較するという部分に力点を置いているが、今作はJmolの使い方に力点をおくため、正常型のヘモグロビンを例にひと通り説明したあとで、最後に参考として変異型との比較を入れようと思います。
しかし、このままいくと長くなりすぎる予感しかしません。
前半・後半に分けたほうがいいんでしょうか…
それとも内容を絞ったほうがいいんでしょうか…
