ゲノム編集技術に関する情報

CRISPR-Casシステムと一本鎖オリゴによる受精卵での大きなゲノム領域のノックインの論文が発表されました。(Yoshimi et al., Nat Commun, 2015, doi:10.1038/ncomms10431)。

CRISPR/Cas9のmRNAエレクトロポレーションによるマウスでの効率的遺伝子改変の論文が発表されました。(Hashimoto & Takemoto, Sci Rep, 2015, doi:10.1038/srep11315)。

Cas9タンパク質とdual RNA(crRNAとtracrRNA）を利用したマウスでの高効率遺伝子ノックインの論文がGenome Biologyに発表されました。(Aida et al., Genome Biology, 2015, doi: 10.1186/s13059-015-0653-x)。

CRISPR-Cas9-based acetyltransferaseを利用したエピゲノム編集の論文がNat Biotechnolに出ました。(Hilton et al., Nature Biotechnology, 2015, doi:10.1038/nbt.3199)。

NHEJやHRの効率を上げる低分子化合物をスクリーニングした論文がCell Stem Cellに出ました。(Chen et al., Cell Stem Cell, 2015, doi:10.1016/j.stem.2015.01.003)。

Keith Joungラボから、GUIDE-seqというCRISPRの新しいオフターゲット評価法の論文がNat Biotechnolに出ました(Tsai et al., Nature Biotechnology, 2014, doi:10.1038/nbt.3117)。

CRISPR/CasのガイドRNA検索ソフト（CRISPRdirect)が国内から報告されました（Naito et al., Bioinformatics, 2014, doi:10.1093/bioinformatics/btu743）。

デュシェンヌ型筋ジストロフィーの患者さんから作製したiPS細胞において、TALENやCRISPRを用いて原因遺伝子ジストロフィンを修復することに成功した論文が報告されました（Li et al., Stem Cell Reports, doi:10.1016/j.stemcr.2014.10.013）。

イソギンチャクでのゲノム編集の論文がNat Communに出ました。HRでのノックインもできるようです（Ikmi et al., Nat commun, doi:10.1038/ncomms6486）。

CRISPRによるRNA認識と切断の論文がNatureに発表されました(O’Connell et al., Nature, 2014, doi:10.1038/nature13769)。

CRISPR/Cas9を使ったホヤ(Sasaki et al., DGD, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25212715)とウサギ(Honda et al., Exp Anim, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25195632)での遺伝子破壊の論文が国内から発表されました。

CRISPR/Cas9を使って、マウス肝臓で直接がん遺伝子を編集した論文(Xue et al., 2014, Nature, doi: 10.1038/nature13589)と筋ジスのモデルマウスをin vivoで治療した論文(Long et al., Science, 2014, doi:10.1126/science.1254445)が出ました。

CRISPRのPatentに関する記事がNature BiotechnologyのNEWSに掲載されました（Nat Biotech, 12(7), 599-601，2014）。

CRISPRやTALENによってゲノム編集を行なったiPS細胞クローンのホールゲノムシーケンスによってoff-target変異導入は低いことが示されました。Tsai and JoungによってCell Stem Cellの４報の論文について解説されています（http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1934590914002653#）。

CRISPRとssODNを使ったラットでのゲノム編集の論文が掲載されました（Yoshimi et al., Nature Communications, 2014, doi:10.1038/ncomms5240)。

CRISPRのオフターゲットに関して、ミスマッチだけでなく塩基の欠失・挿入があった場合も切断が起こり得ることを示した論文が報告されました（Lin et al., NAR, 2014, doi: 10.1093/nar/gku402)。

TALENを用いたカニクイザルでの遺伝子改変が報告されました(Liu et al., Neurosci Bull, doi: 10.1007/s12264-014-1434-8) 。

CRISPR/CasのTechnology Patentに関する情報が掲載されました(http://www.technologyreview.com/view/526726/crispr-genome-editing-technology-patent/)。

Cas9のタンパク導入によるゲノム編集について論文がGenome Researchに２本発表されました(Ramakrishna et al., 10.1101/gr.171264.113; Kim et al., 10.1101/gr.171322.113)。

CRISPR/Cas9とssODNを尾静脈注射で成体マウスに導入し、疾患変異をcorrectionした論文がNat Biotechnolに出ました。(http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.2884.html)。

緑膿菌を用いて、ヒト培養細胞にTALENタンパク質を導入し、ゲノム編集を行った研究が報告されました。(Jia et al., PLoS One, doi:10.1371/journal.pone.0091547)。

CRISPRの総説（Sander & Joung）がNature Biotechnologyに出ました。よくまとまっています。(doi:10.1038/nbt.2842)。

TALENとターゲティングベクターを用いたマウスでの遺伝子ノックインについて報告されました。(Sommer et al., Nature communications, 2014, doi: 10.1038/ncomms4045)。

CRISPR/Cas9を用いたゲノム特定遺伝子座のイメージングについて報告されました。(Chen et al., Cell, 2013, http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2013.12.001)。

CRISPR/Cas9を用いたヒト細胞のゲノムワイドの遺伝学的スクリーニングについて２つのグループから報告されました。(Wang et al., Sciencexpress, doi: 10.1126/science.1246981; Shalem et al., Sciencexpress, doi: 10.1126/science.1247005)。

ゲノム編集からクロマチン修飾の研究のためのエピゲノム編集(Epigenome editing)に関する記事が出ました。(Voigt & Reinberg, Nature Biotechnology, doi: 10.1038/nbt.2756)。

TALEやCRISPRを利用したChIP法(enChIP法)の論文が発表されました。(Fujita ＆ Fujii, BBRC, 2013, http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2013.08.013; Fujita et al., Scientific Reports, 2013, doi:10.1038/srep03171)。

CRISPR/Casによるゲノム編集のプロトコールがNature protocolsに発表されました。(Ran et al., Nature protocols, 2013, doi.10.1038/nprot.2013.143)。

TALEと蛍光タンパク質の融合タンパク質でクロマチン動態を可視化する技術についての論文が発表されました。(Miyanai et al., Nature Structural & Molecular Biology, 2013, doi.10.1038/nsmb.2680)。

TALE-histone demethylaseを用いた標的特異的ヒストン修飾の編集についての論文が発表されました。(Mendenhall et al., Nature Biotechnology, 2013, doi.10.1038/nbt.2701)。

CRISPR-Casシステムを用いたマウスでのレポーター遺伝子およびloxサイトのノックインの論文がJaenischのグループから発表されました。(Yang et al., Cell, 2013, http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2013.08.022)。

CRISPR-Casシステムを用いた線虫での遺伝子改変に関する論文がGeneticsに複数報告されました。(http://www.genetics.org/content/early/2013/08/15/genetics.113.156299.abstract, http://www.genetics.org/content/early/2013/08/15/genetics.113.156075.abstract, http://www.genetics.org/content/early/2013/08/15/genetics.113.155879.abstract, http://www.genetics.org/content/early/2013/08/15/genetics.113.155754.abstract, http://www.genetics.org/content/early/2013/08/15/genetics.113.155853.abstract)。

CRISPR-Casシステムを用いたHIVプロウイルス破壊の論文が発表されました。(Ebina et al., Scientific Reports, 2013, DOI: 10.1038/srep02510)。

CRISPR-Casシステムを用いた植物でのゲノム編集が中国から複数報告されました。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23963532, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23956122, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23958582)。

TALENを用いた線虫でのコンディショナル破壊の論文が発表されました。(Cheng et al., Nature Biotechnology, 2013, doi:10.1038/nbt.2674)。

Nature Biotechnology８月号のCorrespondenceにCRISPRを使ったラットと植物での遺伝子改変の論文が複数発表されました（ラットが2報、植物が3報）。(http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n8/index.html#cr)。

ミトコンドリアDNAに変異を持つ患者の細胞で、TALENを用いてミトコンドリアDNAの編集を行った論文がNature Medicineに発表されました(Bacman et al., Nature Medicine, 2013, doi:10.1038/nm.3261)。

TALENによるB型肝炎ウイルスの増殖抑制についての論文が発表されました。(Bloom et al., Molecular Therapy, 2013, doi:10.1038/mt.2013.170)。

Nickase型のCas9をペアーにさせてNHEJを誘導する論文が発表されました。(Mali et al., Nature Biotechnology, 2013, doi:10.1038/nbt.2675)。

Zhangグループから光受容タンパク質をfusionさせた光誘導型TALE-activatorとTALE-histone effectorの論文がNatureに発表されました。(Konermann et al., Nature, 2013, doi:10.1038/nature12466)。

ZhangグループからCRISPR-Casシステムのoff-target効果について報告されました。(Hsu et al., Nature Biotechnology, 2013, doi:10.1038/nbt.2647)。

ZFNを用いたゲノム編集によってダウン症患者由来iPS細胞の余分な21番染色体の不活性化に成功した論文がNatureに発表されました。(Jiang et al., Nature, 2013, http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature12394.html)。

CRISPR-Casシステムを利用したヒト培養細胞と酵母での転写抑制と活性化の論文がCellに発表されました。(Gilbert et al., Cell, 2013, http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2013.06.044)。

Oct4やNanog遺伝子を活性化するTALE activatorを用いてiPS化を行った論文が、Stem Cell Reportsに発表されました。(Gao et al., Stem cell reports, 2013, http://dx.doi.org/10.1016/j.stemcr.2013.06.002)。

ショウジョウバエ個体でTALE activator/repressorによる遺伝子発現調節を行った論文が、Nature Methodsに出ました。(Crocker & Stern, Nature Methods, 2013, doi:10.1038/nmeth.2543)。

CRISPR-Casシステムのoff-target効果についてヒト培養細胞で解析した論文がでました。(Fu et al., Nature Biotechnology, 2013, doi:10.1038/nbt.2623)。

ZFNを用いたラットでのコンディショナルKOの論文が報告されました。(Brown et al., Nature Methods, 2013, doi:10.1038/nmeth.2516)。

CRISPR-Casシステムを利用した大腸菌での標的遺伝子転写活性化および抑制システムが報告されました。(Bikard et al., Nucleic Acids Research, 2013, doi:10.1093/nar/gkt520)。

TALENとCRISPRを使ったゼブラフィッシュでのlarge deletion／inversionが報告されました。最大で122kbのdeletion、43.8kbの inversionに成功しています。(Xiao et al., Nucleic Acids Research, 2013, doi:10.1093/nar/gkt464)。

TALENを使ったゼブラフィッシュでのlarge deletionとinversionが報告されました(Gupta et al., Genome Research, 2013, doi:10.1101/gr.154070.112)。

CRISPR technologyを使ってショウジョウバエでの遺伝子破壊が報告されました(Gratz et al., Genetics, 2013, doi:10.1534/genetics.113.152710)。

CRISPR technologyを使ってマウスES細胞およびマウス個体での同時複数遺伝子破壊がZhangとJaenischのグループから報告されました(Wang et al., Cell, 2013, doi:10.1016/j.cell.2013.04.025)。

Meganulcease I-TevIのヌクレアーゼドメインとTALEを融合させたモノマー型の人工ヌクレアーゼが報告されました(Beurdeley et al., Nature Communications, 2013, doi:10.1038/ncomms2782)。

ZFNとTALENを使って染色体のtranslocationに成功した論文がGenome Researchに出ました(Piganeau et al., Genome Res, 2013, doi: 10.1101/gr.147314.112)。

CRISPR technologyを使ってhuman pluripotent stem cell への高効率なゲノム編集に成功した論文がCell Stem Cell誌に掲載されました（Ding et al., Cell Stem Cell, 2013, doi:10.1016/j.stem.2013.03.006）。

TALENを使ってゼブラフィッシュの標的遺伝子へノックインすることに成功した論文がNature Methodsに掲載されました（Zu et al., Nat Methods, 2013, doi:10.1038/nmeth.2374）。

CRISPR technologyを使って高効率にゼブラフィッシュで遺伝子破壊ができることが報告されました（Hwang et al., Nat Biotechnol, 2013, doi:10.1038/nbt.2501）。

Zhang LabのCRISPR Genome Engineering ResourcesおよびAddgeneのCRISPR plasmidsのページをリンクのページに掲載しました。

新しいゲノム編集技術としてCRISPR technologyが２つのグループからScienceに報告されました(Mali et al., Science, 2013, DOI:10.1126/science.1232033; Cong et al., Science, 2013, DOI:10.1126/science.1231143)。guide RNAを作製するだけなので、ZFNやTALENに代わるスタンダードなゲノム編集技術になる可能性が高いと思われます。Off-target切断や個体レベルでの編集効率が今後議論されていくと思われます。

マウスでのTALENを用いた遺伝子破壊が報告されました（Sung et al., Nat Biotechnol, 2012, DOI: 10.1038/nbt.2477）

Science誌のThe Breakthroughs of 2012の１つに「TALEN」が選ばれました（Science, 2012: DOI: 10.1126/science.1234108)

ウイルスベクターを用いてTALENを培養細胞で発現させ、標的遺伝子へ変異導入することに成功した論文が出ました（Holkers et al., NAR, 2012, DOI:10.1093/nar/gks1446）。

新しいTALENの作製法(Ligation-indepenent cloning（LIC）法)の論文がNature Biotechに出ました（Schmid-Burgk et al., Nat Biotechnol, 2012, DOI: 10.1038/nbt.2460）。

ZFNとTALENの情報を集約したデータベース（EENdb）に関する論文が出ました（Xiao et al., NAR, 2012, DOI:10.1093/nar/gks1144）。EENdbはこちらです。

ZFN/TALENを用いた、NHEJによるtargeted integrationの手法（ObLiGaRe）が報告されました（Maresca et al., Genome Res, 2012, DOI:10.1101/gr.145441.112）。

カエルでのTALENを用いた遺伝子破壊がPNASに報告されました（Lei et al., PNAS, 2012, DOI:10.1073/pnas.1215421109）。

日経バイオテク11月5日号に「人工ヌクレアーゼでゲノム編集」の特集が組まれました。

TALE-recombinaseの論文がNARに出ました（Mercer et al., NAR, 2012, DOI:10.1093/nar/gks875）。

ウシとブタでのTALENによる遺伝子破壊の論文が出ました（Carlson et al., PNAS, 2012, DOI:10.1073/pnas.1211446109）。

メチル化シトシンをTALE repeat N*でスキップして標的配列に結合させることに成功した論文が掲載されました（Balton et al., JBC, 2012, DOI: doi:10.1074/jbc.C112.408864）。

ゼブラフィッシュでのTALENとssオリゴを用いたノックインが報告されました（Bedell et al., Nature, 2012, DOI: doi:10.1038/nature11537）。

2ペアのTALENを用いたカイコでのlarge deletionが報告されました（Ma et al., PLoS ONE, 2012, DOI: doi:10.1371/journal.pone.0045035）。

植物でのZFNやTALEN利用に関する特許についての総説が出ました（Parisi et al., Transgenic Res, 2012, DOI: 10.1007/s11248-012-9641-z）。

ウェブツール「TALE-NT 2.0」に関するpaperが、NARのWebserver issueに掲載されました（Doyle et al., NAR, 2012, DOI: 10.1093/nar/gks608）。

ターゲティングベクター及びssODNを用いた、ZFNによるマウス胚へのノックインが報告されました（Meyer et al., PNAS, 2012, DOI: 10.1073/pnas.1121203109）。

ショウジョウバエでのTALENによる遺伝子破壊が報告されました（Liu et al., J Genet Genomics, 2012, DOI: 10.1016/j.jgg.2012.04.003）。

TALENを用いたゲノム編集によって、病原耐性をもつイネが作製されました（Li et al., Nat Biotechnol, 2012, DOI: 10.1038/nbt.2199）。

韓国のグループからもZFNicaseに関する報告がなされました（Kim et al., Genome Res, 2012, DOI: 10.1101/gr.138792.112）。

high-throughputにTALENを構築するシステムが、Keith Joungグループから報告されました（Reyon et al., Nat Biotechnol, 2012, DOI: 10.1038/nbt.2170）。

ZFNによる遺伝子破壊とレンチウイルスによる遺伝子導入を併用し、安全に免疫治療を施す手法が報告されました（Provasi et al., Nat Med, 2012, DOI: 10.1038/nm.2700）。

SangamoグループからもZFNickaseに関する報告がなされました（Wang et al., Genome Res, DOI:10.1101/gr.122879.111）。

エピジェネティックな制御とTALEの活性との関連性が、Thomas Lahayeらにより報告されました（Bultmann et al., Nucl Acids Res, 2012, DOI:10.1093/nar/gks199）。

二本鎖DNAにニックを入れるZinc Finger Nickaseが、Keith Joungグループより報告されました（Ramirez et al., Nucl Acids Res, 2012, DOI:10.1093/nar/gks179）。

TALEの立体構造が２つのグループによって明らかにされました(Deg et al., Science, 2012, DOI: 10.1126/science.1215670)(Mak et al., Science, 2012, DOI: 10.1126/science.1216211)。

Nature Methods誌においてGenome Editing TechnologyがMethods of the year 2011に選ばれました。

TALEにrepressorドメインを融合した転写因子が、植物において機能的であることが示されました(Mahfouz et al., Plant Mol Biol. 2011, DOI:10.1126/science.1216211)。

ゲノム編集技術に関する情報

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